巩留县地处伊犁河谷中部，伊犁河上游南侧，天山支脉那拉提山北麓，位居伊犁河谷中部，四周分别与新源县、尼勒克县、伊宁县、察布查尔锡伯自治县、特克斯县及巴音郭楞蒙古自治州和静县相邻。东经81°34′—83°35′、北纬42°54′—43°38′。全县总面积4528平方公里。现辖6镇2乡。“巩留”是建县时拟取的名称，似因巩乃斯河而得名。据民国年间《巩留县志》手抄本所载，巩留县当时辖地广阔，故取“巩吉斯、特克斯塔留”前后二字而命“巩留”，有“巩固长留”之意。哈萨克语作“托古斯塔绕”（意为“九条支流”，寓意众多的河支流），蒙古语、维吾尔语则作“托古斯塔拉”。2019年7月，荣获2019年“中国天然氧吧”创建地区称号，2022年度巩留县通过“中国天然氧吧”复查。 截止2022年，巩留县辖6个镇、2个乡：巩留镇、库尔德宁镇、吉尔格郎乡、阿尕尔森镇、东买里镇、塔斯托别乡、提克阿热克镇、阿克吐别克镇。巩留县人民政府驻巩留镇。 2019年7月，荣获2019年“中国天然氧吧”创建地区称号。 2019年11月14日，巩留县被生态环境部正式命名为第三批国家生态文明建设示范市县。 2021年12月22日，巩留县被认定为全国第六批率先基本实现主要农作物生产全程机械化示范县（市、区）。 2022年3月，巩留县被农业农村部认定为国家级玉米制种大县。 2022年度巩留县通过“中国天然氧吧”复查。巩留县位于新疆维吾尔自治区西北部，地理坐标为：东经81°34′—83°35′、北纬42°54′—43°38′，东南与和静县接壤，东北与新源县毗邻，北部同尼勒克县和伊宁县隔河相望，西部与察布查尔县相邻，南部与特克斯县相依，辖元面积4528平方公里。巩留县由山地、丘陵、平原三大地貌单元所组成，三者分别占巩留县总土地面积的67.05%、9.46%和21.93%。山地主要由伊什格力克和那拉提两大山系构成，其总面积为3100平方公里。那拉提山位于县境东南部，属天山南脉，东西走向，东起新源县，西至特克斯县，境内长达84公里。此山高大雄伟，海拔3500—4200米，最高峰喀班巴依峰海拔4257米，也是巩留县最高峰。